БНСУ нь 2000 онд Эрүүл мэндийн даатгалын газрынхаа тусламж, үйлчилгээний нэхэмжлэл, чанар болон тусламж үйлчилгээг ба эмийг шинээр нэвтрүүлэн даатгалд хамруулах асуудалд хяналт тавих хөндлөнгийн байгуулага байгуулсан түүхтэй. Энэхүү байгууллагын зорилго иргэдэд тогтвортой, чанартай тусламжийг үзүүлэх дэмжлэг үзүүлэх зорилготой.  

Тус байгууллага  нь дараахь 3 үйл ажиллагааг хэрэгжүүлдэг байна. Үүнд журмуудыг гаргах. Тухайлбал өвчтний ангилал, өвчний  кодчлол, эрүүл мэндийн тусламж үйлчилгээний ач холбогдолыг эрэмблэх үүнд  тусламж үйлчилгээний жагсаалтыг гаргах, үнийн гаргах, даатгалд хамрагдах тусламж үйлчилгээний шалгуурыг гаргах . Мөн эрүүл мэндийн салбарын мэдээллийн төвийн үүргийг гүйцэтгэж,  их өгөгдөл буюу big data-г үүсгэж хяналт хийх, эмнэлэг тусламж үйлчилгээний зардлын хяналт, гадаад харилцаа ба бусад судалгааг хийдэг байна. Даатгалтай гэрээт бүх байгуулагын мэдээллийн санг үүсгэж олон нийтэд мэдээлж байдаг ба энэхүү мэдээллийг олон нийт ба шийдвэр гаргагч нар мөн судлаачид ашигладаг байна. Мөн нэг чухал үүрэг нь нэхэмжлэлийн хяналтын портал үйлчилгээ үзүүлдэг ба нэхэмжлэл хяналтыг газар дээр нь хийх, real time буюу тухайн цаг үед нь  хийх, тусламж үйлчилгээний дараахь хяналтыг хийж байдаг ажээ. Мөн эмийн мэнэжмэнтийн  хяналтых хийж Солонгосын эмийн мэдээллийн дата баазыг үүсгэн судалгаа хийж байдаг байна. Үүнд эмийн чанарын хяналт хийж чанаргүй эм өвчтөнд  хэрэглэхээс сэргийлж байдаг ажээ.

Мөн тус байгууллага нь эрүүл мэндийн яамаа эрүүл мэндийн даатгалын үйл ажиллагаатай  холбоотой бодлогын өөрчлөлт хийхэд шаардлагатай мэдээлэл ба датагаар хангадаг бол эрүүл мэндийн даатгалын газраа нэхэмжлэлийн хяналт ба нэхэмжлэл тусламж үйлчилгээтэй холбоотой мэдээлэлээр хангаж шаардлагатай бол анхааруулга санамж илгээж байдаг байна. Тус байгууллага нь эрүүл мэндийн даатгалаас зарцуулж буй мөнгийг үр ашигтай зарцуулахын төлөө ажилладаг гэсэн үг юм.

Энэхүү мэдээлэл ба судалгаа дээр үндэслэн эрүүл мэндийн яам ба эрүүл мэндийн даатгалын газар нь эрүүл мэндийн даатгалын үйл ажиллагааны менежментийг хийж байдаг байна. Эмнэлэгийн тусламжийн чанарыг сайжруулахын тулд чанарын үнэлгээг мөн хийж байдаг байна. Үүнд даатгалтай гэрээт байгууллагуудын тусламж үйлчилгээнд өвчтний аюулгүй байдал, эмчилгээний үр дүн, өвчтөн төвтэй тусламж үйлчилгээ, эмийн зардал ба чанар, тусламж үйлчилгээний тэгш байдал, уялдаатай байдалд үнэлгээ хийж үр дүнг  олон нийтэд цахимаар мэдээлж байдаг ажээ.БНСУ гадаадад очин оношилгоо, эмчилгээ, хагалгаа хийж буй эмч нарт хяналт тавьж байдаг ба гадаадад явж буй эмч нар энэхүү байгууллагаар бүртгүүлж байж явдаг байна. Монгол улсаас  бас нэг онцлог нь тусламж үйлчилгээ үзүүлэгч эхний ээлжинд нэхэмжлэлээ энэхүү Эрүүл Мэндийн Даатгалын  тусламж үйлчилгээнд Хөндлөнгийн хяналт тавьдаг агентлаг лүү илгээж энэ байгууллага хяналт хийсний дараагаар нэхэмжлэлийг цааш даатгалын байгууллага лүү илгээдэг ажээ. Тус байгууллага  нь 80000 гаруй эрүүл мэндийн байгууллагуудын нэхэмжлэлд хяналтын үйл ажиллагаа хийж даатгалаас санхүүжилт авах эрхийг нээдэг ажээ.  

Мөн тус байгууллага нь эрүүл мэндийн салбарын нөөцийн тухайлбал хүний нөөц, эм эмнэлгийн хэрэгслийн нөөц, эмнэлгийн  байгууламжийн нөөцийн (сэхээний ор, тоног төхөөрөмж, сөрөг даралттай өрөөний тоо гэх мэт ) мэдээллийг цуглуулж нэхэмжлэлд хяналт хийхдээ ашигладаг байна. Мөн Олон улсын эрүүл мэндийн даатгалын чиглэлээр сургалтыг өөр дээрээ хийдэг бөгөөд дэлхийн олон орны даатгалын байгууллага зүгээс ирж туршлага судалдаг байна.

Тус байгууллага мөн 2020-2022 оны цар тахлын үед өөрийн эмийн  дата баазаас эрсдэлт бүлгийн жагсаалтыг гаргаж, ковидын үеийн эмчилгээ ба оношилгооны зардлын тооцоог гаргаж, нөөцийн хуваарилалтыг хийхэд оролцсон байна. Мөн өөрт буй датаг ашиглан  үндэсний Ковид19 дата баазыг үүсгэн БНСУлсын өвчний хяналтын төвтэй хамтран ажиллажээ. Тэгвэл  дараа дараагийн цар тахалыг амжилттай даван туулахын тулд эрүүл мэндийн салбарын бүх датаг нэгтгэж нэгдсэн цахим платформ үүсгэж байна. Мөн  эрүүл мэндийн даатгалын газрын харьяа тусгай эмнэлэг ILSAN  дээр хамтран судалгаа хийж тухайн өвчний оношилгоо ба эмчилгээний бодит зардлыг гарган түүн дээр үндэслэн зардлыг тооцдог байна.